O SISTAFE possui um único sistema informático que lhe dá suporte: o “e-SISTAFE”, a fim de atender a todos os procedimentos previstos para o sistema, o Regulamento do SISTAFE prevê que o e-SISTAFE será divido em sete módulos, nomeadamente:
- Módulo de Elaboração Orçamental (MEO), que apoia a elaboração da proposta do OE;
- Módulo de Execução Orçamental (MEX), que apoia a execução do OE;
- Módulo de Gestão de Informações (MGI), que apoia a geração de informações obtidas a partir dos demais módulos, propiciando a acção do controlo interno e externo e da administração pública;
- Módulo de administração do Património do Estado (MPE), que apoia a administração do PE;
- Módulo de gestão de Salários e Pensões (MSP), que apoia a elaboração da folha de salários e
de pensões dos Funcionários e Agentes do Estado (FAE) e pensionistas;
- Módulo de gestão da Dívida Pública (MDP), que apoia a administração da dívida;
- Módulo de gestão da Rede de Cobrança (MRC), que apoia a administração da rede de cobrança.